농산물에 잔류할 수 있는 모든 위해요소를 효과적으로 관리하는 체계인 GAP(Good AgriculturalPractices, 농산물우수관리제도)의 인증대상 작물은 크게 식량, 특용, 약용, 버섯, 원예, 채소, 과수,화훼 등으로 나뉩니다.

식량작물 중 주식인 쌀은 품종 및 종자 선택에서부터 철저한 관리가 진행됩니다. 품종은 지역생태의 특성을 고려해 선택되며 각종 병충해에 대한 저항성은 물론 이들 병충해의 상습 발생지대를 파악해 안전한 생산 바탕을 조성합니다.

특히 병충해 방제를 위해 농촌진흥청이 병원균 종류별 발생원인, 방제대책을 지도함으로써 안전성을 보장하고 있습니다. 벼의 저장에 있어서도 저장성에 큰 영향을 미치는 수분함량을 철저히 조절함으로써 일정온도에서 흡습과 방습의 균형을 맞춤은 물론 미생물·해충의 생육을 확실히 차단하고 있습니다.

저장은 수확된 벼의 생리작용이 지속될 수 있도록 함으로써 생명력을 보존, 고유의 품질을 유지하는 과정이기 때문에 각별한 주의를 기울이고 있습니다. 또한 벼의 껍질을 벗기는 도정과정에서는 원료 벼의 수분함량이 매우 중요하기 때문에 도정 적정수분인 15.8%를 지키고 있으며 쌀의 품질에 영향을 미치는 오염·손상된 낟알은 철저하게 배제하고 있습니다.