고추의 묘상 설치는 일사량이 많고 배수가 잘 되는 곳, 관리가 편리하고 관수 및 전원 등의 설치가 쉬운 곳, 병충해의 발생이 적었던 곳이 좋다. 시설의방향, 피복자재, 골격율(骨格率) 등을 고려하여 채광을 좋게 하고, 충분한 환기가 되도록 설치한다.
파종 시기는 정식 예정일을 역산하여 결정하는데 육묘기간은 작형에 따라 다르며, 육묘일수에 따라 육묘용기 크기및 시비조건 등이 달라진다. 육묘 기간이 지나치게 길면 뿌리 노화로활착이 불량해지고 초기생육이 불량해지며 반면에 지나치게 어린 묘는 뿌리 활력이 좋아 양분과 수분이 대량 흡수되어 번무하기 쉽고, 영양생장이 지속되어 착과율이 떨어지며, 과실의 숙기가 늦어질 뿐만 아니라 소과가 많아지는 경향이 있어 각 작형에 맞는적정 육묘일수를 준수해야 한다.

종자는 신뢰도가 높은 회사의 것을 사용하고, 오래되지 않아야 한다. 최근에는 대부분의 종자가 생산 단계에서 소독이잘 되어 있어 농가가 소독할 필요는 없는데 종자 소독이 필요한 경우는 헝겊에싸서 17~18℃되는 물에 베노람수화제 200배, 지오람수화제 400배에 30~60분간 소독한 후 물에 씻어 말린다.
물을 너무 많이 주면 웃자라서 발병을 초래하고 부족하면 굳어져서 생육이 억제된다. 물주는 양은 저녁때 묘상의 상토 표면이 뽀얗게 말라 있는 정도가 좋다. 관수에 사용하는 물은 병원균 등에 오염이 되었거나 수질이 낮은 것은 피하고 농업용수 관리기준에 적합한 것을 사용한다.농업용수로 사용하는 물은 공통사항의 수질기준을 참조하여 적합한 물로 관수한다.
고추는 광포화점이 약 30Klux 정도로높은 편이 아니지만 육묘상은 광선투과율이 좋고 물방울이 맺히지 않는 피복자재로 피복하여 일조량이 부족하지 않게 한다.