감기와 풍에 효능을 보이고 있는 유자는 감귤류 중에서 내한성이 강한 반면 감온성이 예민하여 온난한 지역이 아니면 재배가 곤란하다. 온도조건은 연평균 기온이 14～15℃이면서 온도교차가 15℃ 전후로서 최저 극기온이 -9℃를 초과하지 않는 지역이 좋다.

유자 재배의 안전지대는 -7℃ 정도의 최저기온이 1년에 1회 이하로 발생하는 지역으로 -9℃이하의 최저기온이 10년에 2회 이상 발생하는 지역은 안전지대로 보기 어렵다. 겨울철 기온이 -9℃ 이하가 되면 잎은 동해를 받기 쉬운데, 특히 겨울가뭄과 함께 북서풍이 불게 되면 탈수현상이 심화되어 동해를 더욱 받기 쉬워지며 낙엽이 되기도 한다.

온도의 고저는 과실의 형질에 영향을 주어 고온에서 재배된 유자는 과실 모양이 편평한 것이 많고 과피도 얇으며 신맛이 적다. 과실착색에 유리한 온도는 20℃ 정도로 이 보다 높은 온도에서는 과실이 충분히 성숙되어도 엽록소의 분해가 늦어 착색이 늦어지게 된다.

유자의 과실은 대부분 가공용으로 이용되므로 과즙(果汁)이 많은 시기에 수확하는 것이 좋다. 과실 표피(果皮)의 착색이 70~80%정도 된 시기가 과즙량이 많고 향기가 높을 뿐만 아니라 저장 하여도 과실 표피색이 선황색으로 유지되어 신선하게 느껴지며 저장성이 높으므로 이때가 수확적기이다.

과실이 완전히 착색될 때까지 나무에 달아두면 부피과(浮皮果)의 발생이 많아져 저장성이 약화된다. 완전히 착색된 과실은 과즙량이 적고 식초를 제조할 경우에 과실내의 펙틴물질의 함량이 높아져 제조한 식초의 맛이 텁텁하여 품질이 저하된다. 과실 표면의 착색이 50%이하인 과실은 과즙량은 많으나 과즙에서 풋내가 난다.

수확은 과실의 착색정도에 따라 2~3회로 나누어 실시한다. 일시에 수확하게 되면 수확시기가 늦은 과실은 과육(果肉)의 발육이 종료된 후에도 과피(果皮)가 생장되어 과육과 과피사이에 공간이 생기는 부피과(浮皮果)의 발생이 많아진다. 그리고 과심부(果心部)에 열개(裂開) 및 공극이 생기는 것도 있어 저장성이 매우 약하다.

수확은 과실표면에 이슬이 마르지 않은 이른 아침이나 비가 온 직후에는 피하는 것이 좋다. 수확 및 선별 작업은 면장갑을 끼고 실시하여 손톱에 의한 과실상처가 생기지 않도록 한다.

수확한 과실을 방치하면 호흡으로 인해 과즙내의 당분이나 수분의 손실이 많아 저장성이 저하된다. 특히 고온에서는 호흡이 왕성하여 과실의 껍질과 과육이 분리되는 부피과(浮皮果)로의 진행이 촉진되어 저장성이 떨어지므로 수확한 과실은 바로 본 저장을 하기에는 무리가 있다.

예비조치 온도는 5~8℃, 습도 80% 정도의 간이저장고 또는 서늘한 창고내에 발이나 거적을 깔고 수확한 과실을 30㎝정도의 두께로 펴서 저장한다. 예비조치의 정도는 단기 저장용의 경우 10~14일 동안에 과실 무게의 2%, 장기저장용은 3주 동안에 과실무게의 3% 정도가 감소되도록 행하는 것이 좋다.

장기저장은 온도 3~5℃, 습도 85~90% 정도가 적당하며, 3월 하순까지 저장이 가능하다. 장기저장은 저온 저장고로 이용하여야 하며 저장고 내의 냉동능력보다 단열효과를 높일 수 있도록 하는 것이 중요하다.

단기저장은 온도 5~7℃, 습도 80~85% 정도로 유지하는 것이 무난하며, 12월 하순까지 저장이 가능하다. 단기저장은 상온 저장고로 이용하며 저장고 내 온도의 일교차가 크지 않도록 관리하는 것이 중요하다.